当所は、日本最大の帆船日本丸、海王丸、蒸気タービン機関を備えた大成丸、そしてディーゼル機関を備えた銀河丸、青雲丸の5隻の練習船で航海訓練を行っています。
その主な対象は、将来客船やタンカー、フェリーなどの船長、機関長になることを目指して東京海洋大学海洋工学部、神戸大学海事科学部、商船高等専門学校、国立海上技術短期大学校、国立海上技術学校、海技大学校で学んでいる学生達です。その数は年間約1900名で、1943年から2009年度までの66年間に延べ134,484人に及びます。
練習船では、海運界の将来の担い手を育成するため、船舶職員に必要な応用実践力と高度な知識技能の修得、さらに指導性や行動習慣の体得を目指した実習訓練が行われています。また、国際航海に従事する上で必要な幅広い視野と教養を高めることも実習の大きな目的となっています。
さらに1997年12月から、政府開発援助 (ODA) の一環として開発途上国の船員教育機関卒業生などに対する3か月間の乗船基礎訓練を毎年度行っています。
□ 航海訓練所の理念
航海訓練所の理念は、使命を遂行するに当り、その根底にある根本的な考え方であり、次のとおりとするとしています。
独立行政法人航海訓練所は、安全かつ効率的な航海訓練をとおして、知識と実践力を備え、かつ海技従事者として要求される資質を兼ね備えた、優秀な人材を育成するとともに、地球環境の保全と社会の発展に寄与する諸技術の研究を行い、もって国内外の海上輸送の安全と安定に貢献する。
□ 航海訓練所の目的
独立行政法人航海訓練所は、商船に関する学部を置く国立大学、商船に関する学科を置く国立高等専門学校及び独立行政法人海技教育機構の学生及び生徒等に対し航海訓練を行うことにより、船舶の運航に関する知識及び技能を習得させることを目的とする。（独立行政法人航海訓練所法第3条）
□ 航海訓練所の使命
航海訓練所の目的並びに国土交通大臣から指示された中期目標を踏まえ、航海訓練所の使命を次のとおりとしています。
我が国船員教育機関等と密接な連携を保ちつつ、練習船の機能を活用して、船員に求められる知識・技術の変化に応じた実践的教育訓練を効率的・効果的に行うことにより、海事産業を担う優秀な人材を育成する。
また、航海訓練の機会を活かした研究活動を実施することにより、教育訓練技法の向上に資するとともに、安全かつ効率的な船舶運航技術を提言する。
□ 航海訓練所のシンボルマーク
海上の安全を願うことから、航海の道しるべである羅針儀(コンパス)の文字盤の八方位(コンパスマーク)を象ったものです。 マークの中心の円は職員の和と協調を、赤色は実習生の教育訓練に対する職員の情熱を表しています。 他の 商船教育機関や海上保安庁でもコンパスマークをモチーフとした記章を使用しています。
